2018年，生物学教授和传统医学研究所研究员Yuki Oka的加州理工学院实验室的研究人员取得了一项重大发现:他们发现了一种介导口渴的神经元或脑细胞。但他们遇到了一个问题:一种称为单细胞RNA测序(scRNA-seq)的最先进技术无法在已知含有这些与口渴相关的神经元的脑组织样本(特别是来自介质前视核的区域)中找到这些神经元。
“我们知道，我们添加到我们的特征神经元的基因标签是在大脑的中间视前核中表达的，但是当我们用scRNA-seq分析大脑的这个区域时，我们没有看到这个基因，”Oka说。“我们从许多同事那里听说，scrna -seq缺失了他们知道应该存在的细胞类型和基因表达。我们开始想知道这是为什么。”
识别不同的细胞类型对于理解我们身体执行的大量功能至关重要，从感知口渴等健康过程到疾病状态下的细胞故障。例如，许多研究人员目前正在寻找可能与特定疾病有关的细胞类型，如帕金森病。确定参与这些过程的精确细胞类型对所有这些研究都至关重要。
现在，加州理工学院的Oka实验室和德克萨斯大学西南医学中心的Allan-Hermann Pool实验室合作，展示了如何优化scRNA-seq分析的关键步骤，以恢复通常被丢弃的缺失的细胞类型和基因表达数据。一篇描述这项工作的论文发表在9月11日的《自然方法》杂志上。
“我们已经改进了对现有最先进的单细胞RNA测序数据的分析，为单个数据集揭示了数百或有时数千个基因的表达，”Oka说。“实现这种精度非常重要，因为生物过程丰富而复杂。最近的研究已经在老鼠的大脑中发现了5000多种不同的神经元类型，而人类的大脑可能更复杂。我们需要我们的技术尽可能地敏感和全面。”
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希望本篇文章《改进的测序数据分析揭示了“隐秘”细胞类型及其基因表达》能对你有所帮助！
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